La nueva Death Star, en órbita estacionaria sobre la luna de Endor, aún no está terminada, pero Darth Vader, hace llegar al encargado de su construcción, el Moff Jerjerrod, que el emperador Palpatine en persona inspeccionará y se ocupará de que todo se cumpla en los plazos previstos. Ante tal amenaza, no hay alternativa...

Una vez más tenemos a R2-D2 y C-3PO en Tatooine, ahora con rumbo del palacio de Jabba the Hutt para buscar a Han Solo. Y no son los únicos, primero Lando, luego la princesa Leia disfrazada como cazarrecompensas -que consigue descongelar a Solo de la carbonita- con Chewbacca "capturado" y después Luke visitan al repelente hutt con la intención de liberar al contrabandista, pero todos ellos caen prisioneros.

Después de que Luke matara al Rancor, una de las mascotas de Jabba, él junto con Solo y Chewie, es condenado a ser devorados por el Sarlacc en el pozo de Carkoon, en el Mar de las Dunas. Batalla previa cuerpo a cuerpo entre los protagonistas y los esbirros de Jabba, éstos son vencidos y muerto el jefe (también cae el cazador de Han, Boba Fett), el Millennium Falcon y el X-Wing de Luke parten con rumbos diferentes: el primero se dirige hacia la flota rebelde, y el segundo hacia Dagobah a cumplir una promesa pendiente.

Luke va a completar entrenamiento que truncó por ir a Bespin, pero al llegar encuentra a Yoda cansado y enfermo, pero le afirma a Luke que para ser un jedi, sólo le falta enfrentar a Vader en duelo y vencerlo, así Luke será el ultimo jedi, y tras esto, Yoda entra al descanso final, se desvanece y se hace uno con la Fuerza. Poco después Obi-Wan se le aparece a Luke, que es increpado por haber mentido acerca de su padre, entonces revela otro secreto de su origen, sobre su hermana gemela. Los instintos de Luke le indican que Leia es ella.

El Alto Mando Rebelde se encuentra reunido a bordo del Home I, un gran crucero calamariano. Ahí los rebeldes, que han reunido todas sus fuerzas en una gran y única armada, orbitando Sullust, preparan el plan de ataque contra la recién descubierta Death Star II, la cual ya ha recibido a Palpatine, con gran ceremonia imperial, en visita de inspección. La flota atacará por el espacio al mando del general Calrissian y el almirante Ackbar, mientras el generador del escudo deflector que la protege será destruido por un pequeño destacamento infiltrado en Endor al mando del general Solo. El plan se realiza tal cual es concebido, Han le cede el Falcon a Lando para su utilización.

Después de persecuciones en speeder bikes con los scout troopers imperiales en el bosque de Endor, Leia tiene un encuentro con una primitiva tribu de criaturas llamadas ewoks, quien en un principio deseaban tener como cena a los protagonistas, pero después de un truco en el que Luke hace levitar a 3PO -a quien los peludos creían un dios- son liberados. C-3PO, previos consejos de Luke, convence a los ewoks de aliarse con los rebeldes para destruir el reactor. Pero Luke sabe que su presencia es percibida por Vader, y decide entregarse a él, quien lo lleva a la Death Star ante Palpatine, quien trata de que vaya al Lado Oscuro de la Fuerza para gobernar la galaxia.

Mientras Han y Leia logran derrotar al grupo élite de stormtroopers del bunker imperial, con ayuda de los ewoks, no sin muchos apuros, y desactivan el escudo deflector; por esto Lando y los escuadrones Rojo, Verde, Gris y Oro, evadiendo la defensa imperal a cargo de TIE Fighters y TIE Interceptors, logran entrar al interior de la Death Star II, por la parte inconclusa, para destruir el reactor principal. En el combate los imperiales pierden a su máximo destructor, el Executor.

El emperador hace que Luke se enfrente a su padre, en pleno duelo Vader se entera de la existencia de una hija suya, es derrotado pero no ultimado -lo cual marcaría el Lado Oscuro en el joven jedi-, entonces Palpatine ataca al jedi recién graduado y decide exterminarlo, pero Darth Vader siente que Anakin Skywalker que late aún en su interior y ayuda a su hijo -que es lo que Luke suponía desde un principio-, toma a Palpatine arrojándolo por el vacío, pero la descarga de energía que emanaba de las manos del emperador era muy poderosa y deja a Vader moribundo. Luego de esto, y tratando de huir de la estación que está desmoronándose, Vader le pide a Luke que le quite el yelmo-máscara para poder verlo con sus propios ojos por primera y última vez. Ante Luke se produce el definitivo regreso del jedi: el de Anakin al Lado Luminoso de la Fuerza. Fallece poco después.

Luke llega a huir de la Death Star II poco antes de que los rebeldes liderados por Lando y Wedge lleguen a destruirla. Una vez en Endor se ha iniciado la gran celebración que se expande por toda la galaxia (se ven Bespin, Tatooine y Coruscant), que marca el fin de la guerra. Luke incinera el cuerpo de su padre según un antiguo ritual jedi, y se une a Han, Leia y Lando a la fiesta, pero en ese momento se le aparecen en un apartado a unos sonrientes Obi-Wan Kenobi y Yoda, pero se alegra más el ver a su padre Anakin junto a sus maestros, por fin unidos en paz con la Fuerza. Fin de la historia.