La Saga empieza tres décadas antes que A New Hope. La acción se inicia cuando dos jedi, Qui-Gon Jinn y su alumno padawan Obi-Wan Kenobi, quienes viajan para negociar con la Federación de Comercio, acerca del bloqueo de todos los envíos al planeta Naboo. Un tal Darth Sidious, señor oscuro del Sith, es informado por el virrey neimoidian de la Federación, Nute Gunray, que los supuestos embajadores de la República enviados para negociar son en realidad caballeros jedi; a lo que Sidious ordena que sean eliminados y que desembarquen sus tropas en Naboo. Envían a unos battle droids a matarlos, y destruyen la nave que los llevó, el Radiant VII, pero los jedi consiguen escapar y se infiltran en los transportes de tropa que van a Naboo.

Una vez desembarcados, se encuentran con un gungan llamado Jar Jar Binks que les ayudará a llegar hasta el palacio de Theed (capital de Naboo), pero antes los lleva al hogar de los gungans, Otoh Gunga, una ciudad en el fondo de un lago. Los jedi consiguen un vehículo submarino que los llevará hasta el palacio donde han capturado a la reina Amidala. Tras sortear los peligrosos monstruos del fondo marino de Naboo, los jedi llegan a la capital, se internan en el palacio y logran rescatar a la reina para llevarla en su nave consular ante el Senado de la República en Coruscant, pero al escapar del bloqueo, el hiperimpulsor de la nave es averiado, viéndose obligados a desviarse a Tatooine para poder repararla.

Darth Sidious en holoconferencia con los neimoidians decide enviar a su discípulo, Darth Maul, en busca de los jedi y la reina. En Tatooine la nave de la reina aterriza por seguridad en las afueras de la ciudad de Mos Espa. En la nave deberá quedarse la reina y Obi-Wan en su defensa. Qui-Gon, Jar Jar, R2-D2 y Padmé, doncella de la reina, se dirigen hacia Mos Espa. Llegan donde el chatarrero Watto en busca de repuestos para la nave; allí el grupo descubre a un niño de 9 años, Anakin Skywalker, quien es esclavo junto con su madre de Watto. Él comenta que es un gran piloto y que es el único humano que participa en las carreras de pods en Boonta Eve con un vehículo construido por él mismo. Así es como acuerdan apostar en estas carreras para lograr los repuestos necesitados. Qui-Gon siente que la Fuerza fluye notablemente en él, y se lo comenta a la madre de Anakin, Shmi, notando sus intenciones para entrenarlo como jedi.

Qui-Gon consigue otra apuesta con Watto para poder liberar al chico. Como la carrera no podía tener otro desenlace -la mejor secuencia de acción de la película con villano incluido, Sebulba- Anakin gana la carrera y su libertad, determinando de tal forma su nuevo destino... y quizás de la galaxia. Anakin promete que volverá cuando sea un jedi para liberar a su madre, y para terminar a su droide C-3PO, que estaba armando. Cuando Qui-Gon y Anakin están a punto de llegar a la nave de la reina, Darth Maul tiene su primer encuentro en duelo con el jedi, pero fracasa y la nave puede partir con la tripulación completa.

En Coruscant la reina Amidala asiste junto con el senador Palpatine, representante de Naboo, al Senado Galáctico y es convencida de votar en contra del canciller Valorum, líder del Senado, para la elección de un nuevo canciller que muestre más decisión para resolver el conflicto de Naboo. Mientras tanto Anakin es presentado al Consejo Jedi por Qui-Gon quien supone de que el chico puede ser el elegido según una antigua profecía: "Aquel que traerá el equilibrio a la Fuerza". El Consejo Jedi no aprueba que Qui-Gon entrene a Anakin, ya que es demasiado mayor y Yoda siente algo peligroso su futuro. Qui-Gon también comenta la reaparición de los sith por su encuentro con Darth Maul, algo que no ven claro en el Consejo al suponerlos extintos hace un milenio.

La reina Amidala, después de enterarse por comentario de Jar Jar que los gungans poseen un ejército, decide volver a Naboo para aliarse con ellos y liberar a su pueblo. El jefe gungan Nass no quiere cooperar, pero al presentársele la doncella Padmé como la auténtica reina Amidala de Naboo, Nass es convencido. Después de planear el ataque, los jedi, la reina y varios soldados naboo se internan en el palacio para llegar a los cazas y destruir la nave nodriza de control, que controla al ejército de battle droids, mientras la armada gungan al mando del ahora general Jar Jar y el capitán Tarpals, distrae a precisamente estos droides en una batalla de frente amplio. En el amplio hangar los jedi se encuentran con Darth Maul, mientras Anakin se esconde precisamente en el caza donde R2 esta conectado. Mientras los cazas atacan la nave nodriza, el duelo entre los jedi y el sith tiene altas cuotas de frenetismo y emoción, al par que Anakin activa accidentalmente el caza que le sirve de refugio y vuela hacia la batalla espacial.

Darth Maul y los jedi tienen su encuentro final en el reactor principal de la ciudad, donde se encuentran unos campos de energía de protección, que se recargan cada cierto tiempo. Obi-Wan se queda aislado por estos campos, mientras ve que su maestro cae en lucha mortal con Darth Maul. Cuando se desactiva el campo de energía Obi-Wan se enfrenta con gran empuje al sith y consigue derrotarlo partiéndolo en dos. Obi-Wan promete a un moribundo Qui-Gon que entrenará a Anakin. Con la ayuda de R2 y la Fuerza, Anakin consigue penetrar en la nave nodriza y destruir su reactor principal, desactivando al ejército de droides que ya habían ganado la batalla contra los gungans. La reina Amidala y su escolta capturan al virrey neimoidian Nute Gunray, terminando el conflicto con la Federación de Comercio.

El senador Palpatine es elegido nuevo canciller, mientras tanto, antes del funeral de Qui-Gon, Obi-Wan es elevado a la categoría de caballero jedi, y autorizado a entrenar a Anakin, pese a la oposición de Yoda. Una gran celebración en las calles de Theed con desfile y banda de música corona el final, celebrando el final del bloqueo y la unión entre los naboo y los gungans, pero la preocupación por la reaparición de los sith está latente, como una amenaza fantasma esperando su momento. Continuará...