Dos años después de la batalla de Geonosis, el canciller Palpatine se ha convertido en el emperador de la galaxia. Su nuevo orden continúa expandiéndose mientras el senado galáctico comienza a disolverse. Algunos planetas como Alderaan o Naboo se oponen y fundan un nuevo orden, la Alianza Rebelde, cuyo objetivo será restaurar la antigua República.

Mientras tanto, Anakin Skywalker completa su aprendizaje y es nombrado caballero jedi. El conde Dooku, que consiguió escapar de Obi-Wan, Anakin y Yoda le lleva los planos de la Death Star al emperador Palpatine y comienza su construcción. Yoda, con la ayuda de unos espías, descubre que Palpatine es definitivamente el Mayor Lord del Sith: Lord Sidious. Para ello manda a Mace Windu y Obi-Wan a descubrir su trama y derrotar al emperador, pero Boba Fett, el hijo de Jango, comienza una encarnizada lucha para vengar a su padre pero Mace Windu consigue derrotarlo y escapa. Entonces el conde Dooku se ocupa de derrotar a Mace Windu, pero Obi-Wan se interpone y libran una batalla de la que Kenobi sale ileso. Dooku sale derrotado por Obi-Wan y muere asesinado por el emperador Darth Sidious, quien, al perder a su último jedi oscuro comienza la búsqueda de uno nuevo. Palpatine habla con Anakin Skywalker ofreciendole poder y fuerza sin límites. Para ello tendrá que derrotar a Obi-Wan. Entonces Anakin acepta (se supone que al odio que siente por Obi-Wan) y se declara a sí mismo Lord Darth Vader. Pocos días después Yoda se entera de que Anakin y Padmé se casaron en secreto y la Orden Jedi decide expulsar a Anakin.

Padmé comenta a Yoda que esta embarazada de mellizos. Entonces Yoda y Bail Organa se llevan a Amidala a un escondite seguro. Mientras Bail Organa, Yoda y Amidala escapan y Obi-Wan va en busca de Anakin Skywalker, ya convertido en Darth Vader (pero sin la caracterización que todos conocemos) le ayuda al emperador a perseguir y destruir a los jedi. El Consejo Jedi, con Mace Windu y sin Yoda se esconden en un lugar remoto. Sin embargo Darth Vader sabe donde están y va personalmente a buscarlos para aniquilarlos. Se desata una feroz batalla, al final Mace Windu y Vader luchan, donde el caballero jedi sale derrotado y asesinado. Mientras tanto Yoda, calculando que el nuevo aprendiz del emperador los perseguía, Bail Organa, Amidala y el gran maestro jedi, llegan al planeta pantanoso de Dagobah. Alli Amidala da a luz a los dos mellizos, a los que bautiza como Luke y Leia. Yoda siente la fuerza que está en ellos y que son la última esperanza de la galaxia. Entonces después de la oposición de Amidala, Yoda decide separarlos.

Bail Organa se ofrece para cuidar a Leia y Amidala en el Planeta Alderaan a salvo de cualquier contacto Imperial. Bail decide también (para evitar cualquier error) vender a los droides C-3PO y R2-D2 a un capitán de la Alianza Rebelde llamado Antilles. El capitán Antilles borra los datos y memoria a los dos droides y baña de dorado a 3PO. Yoda decide llevar a Luke a Tatooine, para que sus tíos, Owen y Beru lo cuiden. Entretanto, Obi-Wan se entera que Anakin se ha convertido en un sith y que ha asesinado a todos los jedi que quedaban. Entonces, Obi-Wan y Darth Vader comienzan a librar un terrible y duro duelo al borde de un volcán activo. Es durante la pelea titánica que libran, cuando Vader descubre la existencia de un hijo. Obi-Wan le corta el otro brazo (uno ya lo perdió en la lucha de Anakin contra Dooku) y lo golpea, lo empuja y Anakin cae a la lava. A pesar de sufrir grandes daños y casi moribundo, Vader sobrevive. Entonces el emperador va a rescatar a Vader, mientras Obi-Wan escapa recogiendo el sable láser de Vader y partiendo a Tatooine a refugiarse del Imperio y velar por la seguridad del joven Luke. El emperador aterriza y encuentra a Vader moribundo, al que recoge en su nave y se lo lleva al Centro Imperial (antes Coruscant). De regreso al Centro Imperial el emperador le cura de sus heridas y crea un traje especial para Vader. Le fabrica una máscara para poder respirar. La supuesta historia termina con un Vader de espaldas contemplando la Death Star y el clásico despliegue de naves imperiales.